Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6646	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4cccnc4)c3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6647	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2nc(N)nc3nc(CCCc4ccccc4)ncc23)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6648	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NC3CC=C(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6649	CC(C)(N)c1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccccc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6650	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NC3CCC(NC(=O)C4CCCCC4)C3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6651	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4nnc(C(C)(C)C)o4)c3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6652	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)ccc2F)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6653	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3ccccc3)ccc2C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	4NSB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6654	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3ccc(-c4nnc(-c5ccccc5)o4)cc3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6655	CC(C)(N)CNC(=O)c1cccc(N2CCC(OCc3ccccc3)CC2)c1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6656	CC1=CC(NC(=O)NC2CCCCC2)=NC2=CC=C(c3ccc(C(=O)NCC(C)(C)N)cc3)C=CC2=N1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6657	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)N3CCC(c4ccc(C(F)(F)F)cc4)CC3)c3ccccc3n2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6658	CC(C)(N)c1ccc(-c2ccc3ccc(S(=O)(=O)N4CCN(c5ccccn5)CC4)cc3c2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6659	CC(C)N1CCC(c2ccc(Nc3nc(-c4ccccc4)nc4ncccc34)cc2)CC1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6660	CC(C)(N)CNC(=O)c1cnc2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(N4CCC(C(=O)N5CCCC5)CC4)CC3)cn12	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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