Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6661	CC(C)(N)CNC(=O)c1cc(COC(=O)N2CCC(c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)ccn1	AlphaDrug	4NSB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6662	Cc1ccc(NC(=O)NCc2ccccc2)cc1-c1ccc(C(=O)NCC(C)(C)N)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6663	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4nccs4)c3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6664	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(NC(=O)N2C=CC(Nc3ncc(-c4ccccn4)s3)CC2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6665	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3ccc(C(F)(F)F)cc3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6666	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3ccccc3)ccc2Cl)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6667	Cn1cnc2c(NC(=O)N3CCC(c4ccc(F)cc4)CC3)cc(-c3ccc(C(=O)NCC(C)(C)N)cc3)cc21	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6668	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(NC(=O)NC(CC2CCCC2)C(=O)NC2CCC(NC(=O)C3CCCCC3)CC2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6669	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4ccc(F)cc4)c3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6670	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4cccs4)c3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6671	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(NC2C=CN(c3cccc(C(F)(F)F)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6672	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCCc3ccccc3)ccn2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6673	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)N3Cc4ccccc4C3)ccc2F)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6674	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc3ccc(OC(=O)NCCCCCCN)cc3n2Cc2ccccc2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6675	CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cnc(N)c(C(=O)Nc3ccccc3)c2)cc1	AlphaDrug	4NSB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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