DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6721 CN1CCN(c2ccc(C(=O)NCC(=O)N(Cc3ccccc3)c3ccc(-c4cnnn4C)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 5N6S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6722 Cc1ccc(-c2ccc3c(c2)nc(N2CCC(CNC(=O)c4ccc(N5CCN(C)CC5)cc4)CC2)n3Cc2ccc(C#N)cc2)cn1 AlphaDrug 5N6S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6723 Cc1cc(SCC2CCNCC2)ncc1-c1cccc(NC(=O)CC(C)C)c1 AlphaDrug 4M8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6724 CC1=C(Oc2cccc3ccccc23)NC(=O)C(Cc2ccccc2)N1 AlphaDrug 4M8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6725 Cc1ccc(Oc2cccc(C(=O)O)c2)cc1-c1cccc(NC(=O)CC(C)C)c1 AlphaDrug 4M8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6726 CC(C)CC(=O)Nc1cccc(-c2sc(C(=O)O)nc2C(N)=O)c1 AlphaDrug 4M8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6727 CC(C)CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc3cccc(C#N)c3c2)c1 AlphaDrug 4M8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6728 Cc1ccc(C(=O)NNC(CCC(=O)O)C(=O)O)cc1-c1cccc(NC(=O)CC(C)C)c1 AlphaDrug 4M8H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6729 CC(C)CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc3cccc(C(=O)O)c3c2)c1 AlphaDrug 4M8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6730 CC(C)CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc(C(C)(C)C(=O)O)cc2)c1 AlphaDrug 4M8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6731 CC(C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(CCCCC(=O)O)C(=O)O AlphaDrug 4M8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6732 CC(C)CC(=O)Nc1cccc(-c2ccc3cccc(CNC(=O)CNC(=O)c4cccc(C(F)(F)F)c4)c3c2)c1 AlphaDrug 4M8H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6733 O=C(O)c1cccc(N2CCC(O)(c3ccc(Cl)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 5D1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6734 O=C(c1cccc(N2CCC(O)(c3cccc4ccccc34)CC2)c1)N1CCN(c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 5D1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6735 O=C(c1cccc(N2CCC(O)(c3ccccc3)CC2)c1)N1CCC(N2C=CC3(CCCC3)C2)C1 AlphaDrug 5D1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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