DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6736 OC1(c2ccccc2)CCN(c2nc3cccc(Cl)c3n2Cc2ccc(Cl)cc2)CC1 AlphaDrug 5D1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6737 O=C(c1cccc(N2CCC(O)(c3ccccc3)CC2)c1)N1CCN(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1 AlphaDrug 5D1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6738 O=C(C(CO)N1CCC(c2ccc(Cl)cc2)CC1)C1(O)CCN(c2ccc(Cl)cc2Cl)CC1 AlphaDrug 5D1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6739 O=C(NCc1ccc(N2CCC(c3ccc(Cl)cc3)CC2)c(Cl)c1)c1ccc2cccc(Cl)c2c1 AlphaDrug 5D1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6740 O=C(c1ccc(OC(F)(F)F)cc1)N1CCN(c2ccc(Cl)cc2)CC1O AlphaDrug 5D1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6741 O=C(c1cccc(N2CCC(O)(C(=O)OCc3ccccc3)CC2)c1)C1CN1C(=O)c1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 5D1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6742 O=C(c1cc(Cl)ccc1N1CCN(CCO)CC1)N1CCC(N2CCN(c3ccccc3)CC2)CC1 AlphaDrug 5D1R ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6743 Cc1c(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc(Cl)cc1-n1cnc2c(C(F)(F)F)cccc2c1=O AlphaDrug 5MRM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6744 Cc1c(C(=O)NCc2cccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc(Cl)cc1-c1ccc(C(=O)O)o1 AlphaDrug 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6745 Cc1c(-c2ccc(C(=O)O)o2)cc(Cl)cc1-c1nc(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cnc1N AlphaDrug 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6746 Cc1c(Cl)cc(C(=O)NC(CCCN)C(=O)O)cc1-c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6747 Cc1c(C(=O)NCc2cc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)ccc2N)cc(Cl)cc1-c1ccc(C(=O)O)o1 AlphaDrug 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6748 Cc1c(-c2cnc3c(-c4ccc(C(=O)O)cc4)c(Cl)ccc3c2)cc(Cl)cc1C(F)(F)F AlphaDrug 5MRM ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6749 Cc1c(C(=O)O)cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1C(=O)/N=C/c1cccc2ccccc12 AlphaDrug 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6750 Cc1c(C(=O)NCc2cccc(-c3ccccc3)c2)cc(Cl)cc1-c1ccc(C(=O)O)o1 AlphaDrug 5MRM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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