Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6796	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(Cl)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6797	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6798	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(Cc3ccccc3)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6799	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(F)c3)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6800	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6801	CC(C)Cc1cc(C(=O)NC2CCC(NC(=O)c3ccccc3)CC2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6802	CC(C)(O)c1cccc(OCC(=O)O)c1OCc1cccc(-c2cccc(-c3cccc4ccccc34)c2)c1	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6803	Cc1ccc2c(CC(C)C)cc(C(=O)NC(=O)NC3CCC(NS(=O)(=O)c4ccccc4)CC3)cc2n1	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6804	Cc1ccc(-c2cccc(-c3cccc(CNC(=O)c4cc(CC(C)C)c5c(N)nc(N6CC=CCC6)nc5c4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6805	CC(C)(O)c1cccc(CC(=O)O)c1OCc1cccc(-c2cccc(-c3cccc4ccccc34)c2)c1	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6806	CC(C)(C)Cc1cccc(CC(=O)O)c1OCc1cccc(-c2cccc(-c3cccc(-c4cccc5ccccc45)c3)c2)c1	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6807	Cc1cccc(-c2ccc(-c3cccc(-c4cccc(-c5cccc(-c6cc(CC(C)C)nc(-c7ccc(C(C)(C)C(=O)O)cc7)n6)c5)c4)c3)cc2)c1	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6808	CC(C)Cc1cc(C(=O)/N=C/c2ccccc2OC(C)C)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6809	Cc1ccc(-c2nc(CC(C)C)cc(-c3ccc(-c4cccc(C(=O)C(C)C)c4)cc3)n2)cc1	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6810	CC(C)Cc1cc(C(=O)NC(=O)NCc2cccc(OC(F)(F)F)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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