DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6811 CC(C)Cc1cc(C(=O)NC2CCCC2C(N)=O)cc2nc(N3C=CCCC3)nc(N)c12 AlphaDrug 1A2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6812 CC(C)Cc1cc(-c2cccc(CC(=O)O)c2)cc2nc(N3CCCC(C(N)=O)CC3)nc(N)c12 AlphaDrug 1A2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6813 CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3ccccc3OCCC(=O)O)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12 AlphaDrug 1A2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6814 Cc1cccc(CNC(=O)c2cc(CC(C)C)c3c(N)nc(N4CCCCC4)nc3c2)c1 AlphaDrug 1A2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6815 CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(-c4ccccc4OCCC(=O)O)c3)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12 AlphaDrug 1A2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6816 Cc1nc(C(=O)NC2CCCCC2)nc2cc(C(=O)NS(=O)(=O)c3cccc(Cl)c3)cc(CC(C)C)c12 AlphaDrug 1A2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6817 Cc1nc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)nc2cc(C(=O)O)cc(CC(C)C)c12 AlphaDrug 1A2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6818 CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(Cl)c2)cc2nc(N3CCCC3)nc(N)c12 AlphaDrug 1A2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6819 CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(CO)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12 AlphaDrug 1A2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6820 Cc1cccc(-c2nc(C)c3c(CC(C)C)cc(-c4cccc(CC(=O)O)c4)cc3n2)c1 AlphaDrug 1A2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6821 CC(C)(O)c1cccc(OCC(=O)O)c1OCc1cccc(-c2cccc(-c3cccc(-c4cccc5ccccc45)c3)c2)c1 AlphaDrug 1A2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6822 CC(C)Cc1cc(C(=O)N2CCN(C(=O)NCC(=O)O)CC2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12 AlphaDrug 1A2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6823 CC(C)Cc1cccc(CC(=O)C(N)=O)c1OCC(C)Cc1cccc(-c2cccc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)c2)c1 AlphaDrug 1A2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6824 CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(Cl)c2)cc2nc(N3CCCCC3)ncc12 AlphaDrug 1A2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6825 CC(COc1c(CC(=O)O)cccc1CC(C)(C)C)Cc1cccc(-c2cccc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)c2)c1 AlphaDrug 1A2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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