Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6751	Cc1c(NC(=O)CC2(NC(=O)C3CCCCC3)CCCCC2)cc(Cl)cc1-c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5MRM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6752	Cc1c(C(=O)NCc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc(Cl)cc1-c1ccc(C(=O)O)o1	AlphaDrug	5MRM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6753	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2ccc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)cc2)cc2nc(N3CCCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6754	CC(C)Cc1cc(C(=O)NC(=O)NS(=O)(=O)c2cccc(Cl)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6755	CC(C)(O)c1cccc(OCC(=O)O)c1OCc1cccc(-c2cccc(-c3cccc(-c4ccc5ccccc5c4)c3)c2)c1	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6756	CC(C)Cc1cc(Cc2cccc3cccc(OCC(=O)O)c23)cc2c1C(O)=C(N)CC2	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6757	CC(C)Cc1cc(-c2ccc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)cc2)cc2nc(-c3ccccc3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6758	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6759	Cc1nc(N2CCCCC2)nc2cc(C(=O)NCc3cccc(-c4cccc(-c5ccccc5)c4)c3)cc(CC(C)C)c12	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6760	Cc1nc(-c2ccccc2)nc2cc(-c3ccc(-c4cccc(-c5ccccc5)c4)cc3)cc(CC(C)C)c12	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6761	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(C(=O)O)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6762	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(Cl)c2)cc2nc(N3CCCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6763	CC(C(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(Cl)cc1)c1ccc(-c2cccc(CNC(=O)CC(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6764	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6765	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(OCC(=O)O)c3)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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