DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6691 CC(C)N1CCC(Oc2ccc(NC(=O)Nc3cccc(-c4ccccn4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6692 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(C2CN(C(=O)c3ccc4ncccc4c3)C2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6693 CC(C)(N)c1cnc2ccc(S(=O)(=O)Nc3ccc(C(F)(F)F)cc3)cn12 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6694 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4nc5ccccc5[nH]4)c3)ccn2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6695 Cc1nc2ccc(C(=O)Nc3cccc(CCC4CCCCC4)c3)cc2n1C(C)C AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6696 Cc1cc(-c2cccc(CNC(=O)Nc3ccnc(-c4ccc(C(=O)NCC(C)(C)N)cc4)c3)c2)ccn1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6697 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(C(C(=O)NCCCCc2ccccc2)C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6698 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4ccccc4)c3)cnc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6699 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2nc(NCC3CCCC3)c3ncnc(N)c3n2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6700 CC(C)(N)CNC(=O)c1cc2ccc(-c3ccc(N4CCOCC4)cc3)cc2n1Cc1ccccc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6701 CC(C)(N)CNC(=O)c1cc2c(CN3CCN(c4cccc(C(F)(F)F)c4)CC3)ccnc2[nH]1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6702 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(C2=CCN(c3cnc4c(C(F)(F)F)cccc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6703 Cc1ccc(C(C)NC(=O)c2cc(F)ccc2C2CCCN2C(=O)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 6MQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6704 Cc1ccc(C2CCC(NC(=O)c3cc(C(=O)NC4CCC(c5c[nH]c6ccccc56)CC4)ccc3Cl)C2)cc1 AlphaDrug 6MQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6705 Cc1ccc(C2CCC(NC(=O)C3CCCC3Nc3ccc(F)c(F)c3)C2)cc1 AlphaDrug 6MQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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