Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
6781	Cc1c(C(=O)NC(=O)NC2CCC(NS(=O)(=O)c3ccccc3)CC2)cc(CC(C)C)c2ccccc12	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6782	CC(C)Cc1cc(C(=O)NC(=O)NCc2ccccc2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6783	Cc1ccc2c(CC(C)C)cc(C(=O)NCc3ccc(-c4cccc(-c5ccccc5)c4)cc3)cc2n1	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6784	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(-c4nnn[nH]4)c3)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6785	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(Cl)c3)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(OCCC(=O)O)c12	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6786	CC(=O)N1CCCC(NCc2cccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c2)CC1	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6787	CC(C)Cc1cc(C(=O)NC2CCCC2O)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6788	Cc1ccccc1-c1cccc(CNC(=O)c2cc(CC(C)C)c3c(N)nc(N4CCCCC4)nc3c2)c1	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6789	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3ccccc3OC(F)(F)F)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6790	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2cccc(-c3ccc(Cl)c(Cl)c3)c2)cc2nc(N3CCCCC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6791	CC(C)Cc1cc(C(=O)NCc2ccccc2)cc2nc(N3CCC(C4CC4)CC3)nc(N)c12	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6792	CC(C)Cc1cccc(C(=O)NCc2cccc(-c3cccc(CC(=O)O)c3)c2)c1	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6793	Cc1c(F)cccc1-c1cccc(CNC(=O)c2cc(CC(C)C)c3c(N)nc(N4CCCCC4)nc3c2)c1	AlphaDrug	1A2G	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6794	Cc1c(-c2cccc(-c3cccc(CNC(=O)c4cc(CC(C)C)c5c(N)nc(N6CCCCC6)nc5c4)c3)c2)nnn1C	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
6795	CC(C)(COc1c(CC(=O)O)cccc1C(C)(C)O)Cc1cccc(-c2cccc(-c3cccc(-c4ccccc4)c3)c2)c1	AlphaDrug	1A2G	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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