DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
6601 Cc1ccc(O)c2c1oc1ccc(-c3ccnc(NC(=O)Nc4ccc(F)cc4)c3)cc12 AlphaDrug 4ZW6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6602 Cc1nc(COc2ccc(C(C)(C)C)[nH]c2=O)cc(C(F)(F)F)n1 AlphaDrug 4ZW6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6603 Cc1ccc(O)c2c1oc1ccc(-c3cn(CC(=O)O)c4ccccc34)cc12 AlphaDrug 4ZW6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6604 O=[N+]([O-])c1ccc(-c2cnc3[nH]ccc3c2)cc1 AlphaDrug 4ZW6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6605 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc3cnccc3n2Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cn1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6606 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4ccccc4)c3)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6607 Cc1nc2ccc(C(=O)Nc3cccc(CCC4C=CNCC4)c3)cc2n1C(C)C AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6608 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4noc(-c5ccccc5)n4)c3)ccn2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6609 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4ccco4)c3)ccn2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6610 CC(C)(C)NC(=O)N1CCCC1C(=O)N1CCC(=Cc2ccc(OC(=O)N3CCC(N(C(=O)OC(C)(C)C)c4ccc(F)cc4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6611 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(CNC(=O)Nc3ccccn3)C(C)(C)C)nc2)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6612 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(Cc3ccccc3)ncc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6613 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(C2=CCN(C(=O)Nc3cccc(-c4cncnc4)c3)CC2)cn1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6614 CC(C)(N)CNC(=O)c1ccc(-c2cc(NC(=O)NCc3cccc(-c4ccccc4)c3)cnc2OCCCN)cc1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
6615 Cn1ccnc1-c1cccc(OC2CCN(C(=O)Nc3ccc(C(=O)NCC(C)(C)N)cc3)CC2)c1 AlphaDrug 4NSB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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