Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
5566	Cc1c(O)ccc2[nH]c(-c3cc(O)c(O)c(C(=O)NC(C)c4ccccc4)c3)cc12	AlphaDrug	5NXP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5567	CC(NC(=O)c1cc(S(=O)(=O)c2ccccc2C(F)(F)F)cc(O)c1O)c1ccc(C(C)(C)C)cc1	AlphaDrug	5NXP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5568	COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N(C(=O)CCCC(=O)O)C3CCCCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZME	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5569	COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(N4CC(c5cccc6ccccc56)CNC(=O)C4=O)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZME	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5570	COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(NC(=O)O)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZME	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5571	COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(N4CCN(S(=O)(=O)c5ccc(C(=O)O)cc5)CC4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZME	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5572	COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CC(NS(=O)(=O)c4ccccc4)CCC3C)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZME	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5573	COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CC(=O)NC(C)C3)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZME	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5574	COc1ccc(F)cc1CCC1CCCCN1S(=O)(=O)c1ccc(C(=O)N2CCC(N(C(=O)O)c3cccc(N)c3)CC2)cc1	AlphaDrug	4ZME	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5575	COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(N4CCC(CNC(=O)Nc5cccc(-c6ccccc6)c5)C4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZME	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5576	COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CC(NC(=O)CO)CC3C)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZME	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5577	COc1ccc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CC(C)NC(=O)c4ccc(Cl)cc4C3=O)cc2)cc1	AlphaDrug	4ZME	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5578	Cc1c(C(=O)NCCN2CCN(c3ccc(Cl)c(Cl)c3)CC2)sc2cc(-c3ccc4ccccc4c3)ccc12	AlphaDrug	5VD2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5579	Cc1c(-c2ccc(F)c(NC3C=CN(S(=O)(=O)c4ccc(F)cc4F)CC3)c2)sc2cc(-c3ccc(F)cc3)ccc12	AlphaDrug	5VD2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5580	Cc1c(-c2ccc(O)c(OC3CCOC3)c2)sc2cc(-c3ccc(F)cc3)ccc12	AlphaDrug	5VD2	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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