DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5521 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)cc(C(=O)NC2CC=CCCC2)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5522 Cc1c(Cl)cc(C(C)Cc2ccc(O)c(-c3ccc(C(F)(F)F)o3)n2)cc1C(=O)O AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5523 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(C2CCCCC2)no1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5524 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(F)c(Cl)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5525 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1ccc(NC2CCN(C(=O)C3CCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5526 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)cc(N2CCN(C(C)C)CC2)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5527 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1ccc(CN2CCN(C3CCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5528 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5529 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5530 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)c(C(F)(F)F)c(C(=O)O)n1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5531 COc1cc(CN2CCN(C)CC2)cc(-c2ccc(C3=CCCCC3)nc2)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5532 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc3c(c2)CN(CC2CCCCC2)CC3)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5533 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(O)cc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5534 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc(C3CCCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5535 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc(C3CCCCC3O)nc2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

5521 to 5535 of 73725 items. Total 4915 pages.