DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5461 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCC3)CCC2OCc2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5462 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC2COc2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 1H0I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5463 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCC3)CCC2OCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5464 COc1cc(-c2ccc3[nH]ccc3c2)ccc1Cc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5465 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2cc(F)ccc2OC2C=CN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5466 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1ccc(OC2CCCN(C(=O)C3CCCC3)C2)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5467 CC(Cc1ccc(O)cc1)c1ccc(-c2ccc3c(c2)OCO3)cc1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5468 CC(Cc1ccc(O)c(-c2cc(O)cc(C(F)(F)F)c2)n1)c1cc(O)cc(Cl)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5469 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)cc(C2CCCC2)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5470 CC(Cc1ccc(-c2cc(C(=O)O)cc(C(F)(F)F)c2)cc1)c1cc(Cl)c(Cl)c(C2CCCCC2)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5471 CC(Cc1ccc(O)c(-c2cc(C(=O)O)ccc2F)n1)c1cc(Cl)c(Cl)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5472 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C(F)(F)F)o2)n1)c1cc(Cl)cc(C2CCN(C(=O)O)CC2)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5473 CC(Cc1ccc(O)c(-c2ccc(C3CN(C(=O)C4(C)CCCCC4)C3)nc2)n1)c1cc(Cl)c(Cl)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5474 CC(Cc1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1)c1ccc(O)c(C(=O)O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5475 CC(Cc1ccc(-c2cc([N+](=O)[O-])ccc2Cl)cc1)c1cccc(S(N)(=O)=O)c1 AlphaDrug 5NGZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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