DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5446 Cc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2cc(CCC3CCCC3)cc(NC(=O)c3ccc(O)c(F)c3)c2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5447 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)NC(=O)N(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)C2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5448 Cc1ccc(S(=O)(=O)N(c2ccc(C3CCCCC3)cc2)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5449 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)CCC2OCc2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5450 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCCC2CNC(=O)c2ccc(C3CCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5451 COc1cc(-c2ccc3[nH]nc(CC(=O)O)c3c2)ccc1Cc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5452 CC(C)C(C)Cc1ccc(C2=NC(=O)N(Cc3ccc(C4CCCCC4)cc3)C2=O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5453 COc1cc(C2=NC(=O)N(Cc3ccc(C(=O)O)cc3)C2)ccc1Cc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5454 CC(C)(C(=O)O)N(Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1)S(=O)(=O)C1CCN(c2ccc(OC3CCCC3)cc2)CC1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5455 Cc1ccc(COC2CCC3(CCCCC3)CCN2S(=O)(=O)c2ccc(C)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5456 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCC3)CCC2OCc2ccc(CCCC(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5457 COc1cc(-c2ccc3c(c2)CCCC3)ccc1Cc1ccc(OC(F)F)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5458 Cc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(CC3CCCC3)ncn2)c2ccc3ccccc3c2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5459 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCOC3)CCC2OCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5460 Cc1ccc(C2CN3CC2CCC(=O)NCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC3=O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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