DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5431 COc1ccc(Cc2ccc(-c3ccc4c(c3)COCCO4)cc2OC)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5432 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCC3)CCC2OCc2cc(F)cc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5433 COc1ccc(Cc2ccc(-c3ccc4[nH]ccc4c3)cc2OC)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5434 CC(C)C(C)Cc1ccc(C2=NC(=O)N(Cc3ccc(C4C=CN(c5ccc(F)cc5)CC4)cc3)C2=O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5435 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)CCC2OCc2ccc(-c3cccnc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5436 COc1cc(-c2ccc3[nH]ncc3c2)ccc1Cc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5437 COc1cc(-c2ccc3ccccc3c2)ccc1Cc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5438 CC(C)C(C)Cc1ccc(C2=NC(=O)N(Cc3ccc(C4=CCCCC4)cc3)C2=O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5439 COc1ccc([SH](=O)(Cc2ccc(CCC3CCCCC3)cc2)OCc2cccc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5440 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)NC(=O)c3ccccc3C2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5441 COc1cc(-c2ccc3[nH]ccc3c2)ccc1Cc1ccc(OC(F)F)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5442 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2cc(OCC3CCCCC3)cc(C3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5443 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCN(c4ccc(C5CCCC5)cc4)C3)CC2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5444 CC(C)C(C)Cc1ccc(C2=NC(=O)N(/C3=C/C=C(/c4ccc(O)cc4)CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC(N)CC(O)CC(O)CNC(=O)C3)C2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5445 CC(C)C(C)Cc1ccc(/C2=N/C(=O)N(Cc3ccc(C4CCCC4)cc3)CN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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