DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5401 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CC=CN(CCc3ccc(OC(F)(F)F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5402 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)CCCC2OCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5403 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCCC3)CCC2OC(=O)Nc2ccc(C3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5404 Cc1ccc(C2CN3CC2CCC(N)(c2ccc(C(=O)O)cc2)CCCCCC3=O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5405 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCCC3(CCOC3)CCC2OCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5406 Cc1ccc(S(=O)(=O)c2cc(CC3CCN(CC4CCCCC4)C3)cc(C3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5407 COc1cc(-c2cc3ccccc3[nH]2)ccc1Cc1ccc(OC(F)F)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5408 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCC3)CCC2OCc2ccc(C(N)=O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5409 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCOC3)CCC2OCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5410 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)NC3CCCCC3OCc3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5411 CC(C)C(C)Cc1ccc(C2=NC(=O)N(Cc3ccc(C4CCN(C5CC5)CC4)cc3)C2=O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5412 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC3(CCCC3)CCCC2OCc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5413 CC(C)C(C)Cc1ccc(C2=NC(=O)N(Cc3ccc(C4=CCCC4)cc3)C2=O)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5414 COc1cc(-c2ccc3[nH]c(=O)n(C)c3c2)ccc1Cc1ccc(OC(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5415 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CC/C3=C\C=C/C=C\2OCc2cnccc23)cc1 AlphaDrug 1H0I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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