DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5311 CN1CCC(Nc2nc(Nc3cc(C(F)(F)F)cc(S(C)(=O)=O)c3)nc(N3CCN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)n2)CC1 AlphaDrug 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5312 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5313 CCOc1cc(C(=O)Nc2ccc(N)nn2)ccc1NC(=O)c1ccc(C)c(C(=O)N2CCC(N3CCC(N4CCCC4)CC3)CC2)c1 AlphaDrug 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5314 COC(=O)c1ccc(-c2nc(C(=O)Nc3cc(-c4cnn(CCO)c4)ccc3N)cs2)cc1 AlphaDrug 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5315 CC1CN(c2ccc(Nc3nc(C(C)(C)C)cn4c(C(N)=O)cnc34)cc2)CCN1C(=O)N(C)C AlphaDrug 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5316 O=C(Nc1ccc(C(=O)NC(CO)c2ccccc2)cc1)Nc1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5317 CNC1CC2OC(C)(C1OC)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4 AlphaDrug 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5318 Cc1cc(CN2C=CN(C(=O)Nc3ccc(-c4nc(N)nc(C)c4C)cc3)CC2)n(C)n1 AlphaDrug 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5319 Cc1ccccc1-c1ccc(NC(=O)Nc2ccc(N3CCN(C(C)C)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5320 CC(c1cccnc1)N1CCN(C(=O)Nc2ccc(C(=O)Nc3ccccc3N)cc2)CC1 AlphaDrug 6HK3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5321 Cc1ccc(-c2cc(C3CCN(C(F)(F)F)CC3)cc(-n3cnc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)n3)c2)cc1 AlphaDrug 5DX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5322 Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(Cl)cc3)cc(-n3c(C4CCCC4)nc4cc(C(F)(F)C(F)(F)F)ccc43)c2)cc1 AlphaDrug 5DX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5323 Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)n[nH]2)cc1 AlphaDrug 5DX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5324 Cc1ccc(-c2cc(-n3c(C4CCN(C(=O)C5CC5)CC4)nc4cc(C(C)(C)O)ccc43)cc(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 5DX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5325 Cc1ccc(-c2cc(C(=O)NC3CCN(C(F)(F)F)CC3)cc(-n3c(C(F)(F)F)nc4cc(C5CCC5)ccc43)c2)cc1 AlphaDrug 5DX4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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