DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5266 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(N3CCCCCC(O)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5267 COc1ccc(C(=O)O)cc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(C2(c3nc(C4CC4)c[nH]3)CCCC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5268 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccccc2OCC2CCN(c3ccc4ccccc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5269 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(N3CCN(C(=O)C4CCC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5270 COc1ccc(C(C)C)cc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(C2CC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5271 CC1=C/C=C\C2=C(\N=C/1[SH](=O)(NC1CCCCC1)c1ccc(C)cc1)C1(CCCC1)CCO2 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5272 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c2ccccc2OCC2C=CN(c3ccc4cc(C(N)=O)ccc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5273 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCC2)C(=O)Nc2cccc(C3CCCCC3)c2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5274 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(N3CCN(C(=O)C4CC4)CC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5275 Cc1cc(C2CCC(O)C(O)c3cc(O)c4ccccc4c32)cc(S(=O)(=O)N2CCCCC2)c1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5276 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCN(Cc3cccc(OCC(F)(F)C(F)(F)F)c3)CC2)c2ccc(F)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5277 COc1ccc(-c2ccc(F)cc2)cc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5278 COc1ccc(C(=O)Nc2ccccc2C(=O)O)cc1S(=O)(=O)Nc1ccc(C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5279 Cc1ccc([SH](=O)(NC2CCCCC2)c2ccc(N3CC4(CCC4)CCC3NC(=O)Nc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5280 COc1ccc(C(=O)Nc2ccc(C3(C(=O)O)CC3)cc2)cc1S(=O)(=O)Nc1ccc(C2CCCC2)cc1 AlphaDrug 1D7J ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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