DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5161 Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccccc4)cnn3c2)cc1OC(C)C1CCC(Nc2nnc[nH]2)CC1 AlphaDrug 4Z07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5162 Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccccc4)cnn3c2)cc1OC(C)C(O)C(F)(F)F AlphaDrug 4Z07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5163 Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccccc4)cnn3c2)cc1OC(C)C1CCC(NC(=O)CNC(=O)c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 4Z07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5164 Cc1ccc(-n2cnc3c(N)nccc32)cc1OC(C)C1CCC(O)CC1 AlphaDrug 4Z07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5165 Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccccc4)cnn3c2)cc1OC(C)C1CCC(N)CC1 AlphaDrug 4Z07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5166 Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccccc4)cnn3c2)cc1OC(C)C1CCC(Nc2nnc[nH]2)CC1 AlphaDrug 4Z07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5167 Cc1ccc(-c2cnc3[nH]nc(C)c3c2)cc1OC(C)C1CCC(C)(OCC#CCN)CO1 AlphaDrug 4Z07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5168 Cc1ccc2cc(OC(C)n3nc(-c4ccc(N5CCN(C(=O)OC(C)(C)C)CC5)cc4)nc3C)cc(O)c2c1O AlphaDrug 4Z07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5169 Cc1ccc(-c2cnc3c(-c4ccccc4)cnn3c2)cc1OC(C)C1CCC(Nc2noc3ccccc23)CC1 AlphaDrug 4Z07 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5170 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NCC(O)C(=O)O)c3cc(Cl)ccc3n2)cc1 AlphaDrug 6ML9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5171 COc1ccc(-c2nc(-c3cc(CC(O)CNC(=O)C(=O)O)c4ccccc4c3)no2)cc1 AlphaDrug 6ML9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5172 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NCCCCNc3ccc(-c4cccc(C(=O)O)c4)cn3)c(Cl)cc2O)cc1 AlphaDrug 6ML9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5173 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NCCCCC(=O)O)cc3[nH]c4ccccc4c23)cc1 AlphaDrug 6ML9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5174 COc1ccc(C(=O)Nc2cc(C)c(C(O)(c3ccccc3)C(F)(F)F)cc2C(=O)NCC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 6ML9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5175 COc1ccc(-c2cc(C(=O)NCC(O)(CCO)c3ccc(-c4ccc(Cl)cc4)cc3)c(O)cc2O)cc1 AlphaDrug 6ML9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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