Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
5101	Cc1ccc(-c2cc(C(=O)NCC(O)CNC(=O)CC(C)c3cccc(OCC(=O)O)c3)[nH]n2)cc1	AlphaDrug	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5102	CN(Cc1ccc2ccccc2c1)C(=O)CCC(O)(Cc1ccc(Cl)cc1)c1cccc(OCC(=O)O)c1	AlphaDrug	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5103	CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)C(N)Cc1ccccc1	AlphaDrug	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5104	Cc1ncc(-c2ccc(CC(=O)NC(C(=O)O)C(C)CCc3ccc(O)cc3)cc2)s1	AlphaDrug	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5105	CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OCc1ccc(-c2cc(Cc3ccccc3)n[nH]2)cc1)C(=O)O	AlphaDrug	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5106	CC(O)C(CN(Cc1ccccc1)C(=O)O)NC(=O)c1ccc2ccccc2c1	AlphaDrug	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5107	CC(C/C=N/c1c2c(nc3ccccc13)CCCC2)C(Oc1cccc(O)c1)C(O)C(=O)N(CC(=O)O)C(=O)N(C)C	AlphaDrug	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5108	CC(Cc1nc2ccccc2c(=O)n1Cc1ccc(-c2ccccc2)cc1)OC(C)(C)C	AlphaDrug	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5109	CC(C/C=N/c1n[nH]c(-c2ccc(Cl)cc2)n1)C1CCC(NC(=O)CCCC(=O)NC(C(=O)O)C(=O)N(C)CCCCCCCCC(=O)O)CO1	AlphaDrug	5J86	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5110	O=C(NCc1ccc2ccccc2n1)Nc1ccc(-c2ccnc3cccnc23)cc1-c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5L4I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5111	O=C(NCc1ccccc1Cl)Nc1ccc(-c2ccnc3ccccc23)cc1-c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5L4I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5112	N=C(N)c1ccc(CNC(=O)Nc2ccc(-c3nccnc3OCC(F)(F)F)cc2-c2ccc(F)cc2)cc1	AlphaDrug	5L4I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5113	Fc1ccc(-c2cc(-c3cnccn3)nc(N3CCN(c4ccc(Cl)cc4)CC3)n2)cc1	AlphaDrug	5L4I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5114	O=C(NCc1ccc2ccccc2c1)Nc1ccc(-c2nnco2)cc1-c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5L4I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5115	Nc1cccc(C(O)CNC(=O)Nc2ccc(-c3nccnc3OCC(F)(F)F)cc2-c2ccc(F)cc2)c1	AlphaDrug	5L4I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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