DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
5056 CC(C)S(=O)(=O)Nc1cc2c(ccn2-c2cccc(-c3ccc(F)cc3)c2)c(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)n1 AlphaDrug 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5057 CC(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)c1cc(NC(=O)c2ccccc2C(F)(F)F)ccn1 AlphaDrug 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5058 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccc4cc(CC(C)c5ccccc5)nn4c3)cn2)cc1C AlphaDrug 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5059 CC(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1cc2c(-c3cccc(-c4ccncc4)c3)cccc2[nH]1 AlphaDrug 4R4C ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5060 C/C(C(=O)/C=C/c1ccc(C(C)C)cc1)=C(/C=C\c1ccccc1)C(=O)OC(=O)C(C)C AlphaDrug 6CWH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5061 COc1ccc(CN2CCN(C(=O)CCc3ccc(C(C)(C)C)cc3)CC2)cc1OCC(=O)Nc1cccc(C(C)(C)C)c1 AlphaDrug 6CWH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5062 COc1ccc(-c2cc(-c3ccccc3)ccc2C(=O)NO)cc1OC AlphaDrug 6CWH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5063 COc1ccc(-c2ccccc2)cc1NS(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(C(=O)NCCCO)CC2)cc1 AlphaDrug 6CWH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5064 COc1cccc(OC)c1C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 6CWH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5065 COc1cccc(CNC(=O)c2cc(/C=C/c3ccccc3)cc(C(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 6CWH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5066 COc1cccc(O)c1C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 6CWH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5067 O=C(C(=O)N1CCCCC(NC(=O)c2ccc(C(=O)N3CCCCC3C(=O)O)cc2O)C1)c1ccccc1 AlphaDrug 6CWH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5068 COc1ccc2c(c1)N(Cc1cccc(-c3cccc(C(=O)NC(CCCCCN)C(=O)O)c3)c1)CC2 AlphaDrug 6CWH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5069 Nc1nc(NCc2ccccc2)cc(-c2cccc(O)c2)n1 AlphaDrug 6CWH ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
5070 CC(C)Cc1cc(C(=O)N2CCCC(c3cc(-n4cnnc4C(F)(F)F)cc4ccccc34)CC2)nc2ccccc12 AlphaDrug 5E73 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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