Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
5116	O=C(NCc1ccc2ccccc2n1)Nc1ccc(-c2ccnc3ccccc23)cc1-c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5L4I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5117	O=C(NCc1ccc2ccccc2n1)Nc1ccc(-c2ccnc3ccc(NC(=O)c4ccccc4)cc23)cc1-c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5L4I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5118	O=C(NCc1cccc(C(F)(F)F)c1)NC1CCC(c2ccc(-c3ccc(F)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	5L4I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5119	O=C(NCc1ccc2ccccc2c1)Nc1ccc(-c2ccnc3cc(Cl)ccc23)cc1-c1ccc(F)cc1	AlphaDrug	5L4I	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5120	C=CC(=O)NC1CCN(c2cc(NC(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cc(C)n2)CC1	AlphaDrug	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5121	CNC(=O)c1ccc(NC2CCN(c3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3Cl)CC2)c(C(=O)O)c1	AlphaDrug	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5122	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(-c3ccc4ccccc4c3)cc2)on1	AlphaDrug	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5123	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)cc2O)nc(N2CCC(N3CCN(C)CC3)CC2)n1	AlphaDrug	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5124	Cc1cc(NC(=O)c2cccc(C)c2Cl)cc(N2CCC(N3CCN(S(C)(=O)=O)CC3)CC2)n1	AlphaDrug	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5125	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc(N2CCC(NC(=O)c3cccc4cn[nH]c34)CC2)n1	AlphaDrug	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5126	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc(N2CCC(NC(=O)c3cccc4ccccc34)CC2)n1	AlphaDrug	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5127	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(-c3cccc(C(C)(C)O)c3)cc2)ncn1	AlphaDrug	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5128	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)cc(N2CCC(NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)CN3CCC(C(C)(C)C)CC3)CC2)n1	AlphaDrug	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5129	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2O)nc(N2CCC(N3C=CN(C)CC3)CC2)n1	AlphaDrug	5DFP	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
5130	C=C(C)C(CC(=O)O)C(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)NC(Cc1c[nH]c2ccccc12)C(=O)NC(CC(C)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)O	AlphaDrug	6NY0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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