DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4951 CN(CC1(c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccc3)c2)CCCCC1)C(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 6QMJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4952 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C)c(N4CCN(c5ccccn5)CC4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4953 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C3CCC(C(=O)O)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 4QL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4954 CCOc1ccc(-c2ccc(Cc3nc(N4C=CCCC4)ncc3C)cc2)cc1 AlphaDrug 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4955 Cc1cc(C(=O)O)cc2nc(-c3cccc(CN4CCCCC4)c3)nc(N)c12 AlphaDrug 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4956 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C3CCC(C(=O)O)CN3)cc2)c1 AlphaDrug 4QL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4957 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(OC(F)(F)F)c(-c3ccc(N4CCN(C(=O)C5CC5)CC4)cc3)c2)c1 AlphaDrug 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4958 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C3CCC(C(=O)O)CC3)cc2)c1 AlphaDrug 4QL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4959 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(C(=O)NCc3ccc(Cl)cc3)c(Cl)c2)c1C(=O)O AlphaDrug 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4960 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(-c3ccc(Cc4nc(C(=O)O)no4)c(Cl)c3)cc2)c1 AlphaDrug 4QL1 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4961 Cc1ccc(C)c(-c2ccc(CCc3nnc(-c4ccccc4)o3)cc2)c1 AlphaDrug 4QL1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4962 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cnc(N4CCN(C)CC4)cn3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5LWD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4963 CC1(C)CCC(=O)NCc2ccc(NC(=O)NC(Cc3ccc(F)cc3)C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(C)(C)O)cc2CC1 AlphaDrug 5LWD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4964 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3ccc(C(C)(C)O)cc3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5LWD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4965 CCC(=O)N1CCC(Nc2cc(-c3cccc(C)c3)cc(NCc3nnc(-c4ccccc4)o3)n2)CC1 AlphaDrug 5LWD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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