DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4741 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2cc(OC3CCCC3)ccc2C)cc1 AlphaDrug 5I0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4742 COc1cc(-c2ccn(C3CCCC3)n2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4743 COc1cc(C2CCCN2C)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2Cc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4744 COc1cc(C(N)=O)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2Cc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4745 COc1cc(C(F)(F)F)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2Cc2cncnc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4746 COc1cc(C2=NCCN2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2C)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4747 COc1cc(C2=C(C(=O)O)CCCC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4748 COc1cc(C2=NCCN(c3ccccc3)CC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4749 COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(N)=O)cc(C3CCCCC3)c2)c2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4750 COc1cc(C(F)(F)F)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2Cc2ccc(C)cc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4751 COc1cc(C2=NCC(O)C2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4752 COc1cc(C2=NCCN(C3CC3)C2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4753 COc1cc(C2CCCCC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4754 COc1cc(C(F)(F)F)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2CCc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4755 COc1cc(C2=NN(C3CCC(O)C3)CC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5I0B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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