Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
4711	COc1cc(C2=CCCCCC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4712	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2n[nH]c(=O)[nH]c2=O)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4713	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)C2=NC(c3ccc(Cl)cc3)CCC2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4714	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)C2=NN(C3CCN(C(=O)NC4CCCCCC4)CC3)CC2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4715	COc1cc(C2=CCCC(C)(C)N2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4716	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(CCC3CCCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4717	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(-c3ccc(OCC4CCCC4)cc3)cc(C3CC3)c2)c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4718	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(N3CCCCC3)ccn2)c2ccc(C3CCN(C(=O)NC4CCCCC4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4719	C=C1N=C(c2ccc(NC(=O)NS(=O)(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3)c(OC)c2)CCN1C	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4720	COc1cc(C2=CCCC(C(=O)O)CC2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4721	COc1cc(C2=NCN(C3CCCC3)C2)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4722	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2ccc(NC(=O)NC3CCCC3O)cc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4723	COc1ccc([SH](=O)(Nc2cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c2)c2cc(C(F)(F)F)ccc2OC(F)F)cc1	AlphaDrug	5I0B	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4724	COc1cc(-c2nc(=O)[nH]c(=O)[nH]c2=O)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
4725	COc1cc(C(F)(F)F)ccc1NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2CC2CC2)cc1	AlphaDrug	5I0B	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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