DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
4666 NC(N)=Nc1ccc2ccc(S(=O)(=O)NC(=O)c3c(F)ccc(O)c3F)cc2c1 AlphaDrug 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4667 CCCCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(O)c(-n3c(C(=O)NC4CCC(N)C4)cnc3C)cc2O)CC1 AlphaDrug 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4668 CCCCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(O)c(-c3cccc(S(=O)(=O)c4ccc5cc(O)ccc5c4)c3)cc2O)CC1 AlphaDrug 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4669 CCCCC(=O)N1CCC(NC(=O)c2cc(O)c3cc(-c4ccccc4)ccc3n2)CC1 AlphaDrug 4KZ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4670 NC(N)=NC(=O)NS(=O)(=O)c1ccc(Cc2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4ZZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4671 Cc1cc(-c2ccc(-c3ccc(-n4cnc5ccccc54)cc3)cc2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 4ZZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4672 Cc1cc(NC(=O)c2ccccc2)ccc1N1CCN(c2cnc(-c3ccc(-n4cnc5ccccc5c4=O)cc3)cn2)CC1 AlphaDrug 4ZZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4673 Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1NS(=O)(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4ZZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4674 Cc1cc(-c2cnc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)cn2)ccc1NS(=O)(=O)C1CCN(C)C1 AlphaDrug 4ZZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4675 CC1CN(c2cc(=O)n(Cc3ccccc3)c(=O)n3nc(-c4ccccc4)cc23)CCN1 AlphaDrug 4ZZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4676 Cc1cnc(Nc2cc(C(=O)O)cc(N(C)C(=O)NCc3ccccc3)c2)c(-c2ccccc2)n1 AlphaDrug 4ZZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4677 Cc1cc(-c2ccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc2)ccc1C(=O)O AlphaDrug 4ZZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4678 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(-c4ccccc4C(=O)O)ccc3C(=O)NCc3ccccc3)c(Cl)cc2n1 AlphaDrug 4ZZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4679 Cc1cc(-c2cc(F)ccc2C(=O)N2CCCCC2)ccc1NS(=O)(=O)C(F)(F)F AlphaDrug 4ZZD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
4680 N#Cc1c(-c2ccc(-c3ccc(-c4ccc(F)cc4)cc3)cc2)nn(-c2ccc(C(F)(F)F)cc2)c1N AlphaDrug 6QGG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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