DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
47161 CC1=C2C=C(C[C@H]3C=C4Nc5cccc6c5N4C(=C3)OC(=C3C=CC=CC3)C6)C=C[C@H]2C=C1 Pocket2Mol 5DH5 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47162 Cc1c(F)ccc2c1OC1=C=C(CC=C(O)c3ccccc3)C=C3Nc4c(O)ccc-2c4N13 Pocket2Mol 5DH5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47163 O=CO Pocket2Mol 5DH5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47164 Nc1nc2c3c(n1)CCC(C(=O)O)=C1CCCC(=C13)CC2 Pocket2Mol 4QXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47165 Cc1ccc(O)c2c1Cc1c(C)nn(C)c1C(=O)C2 Pocket2Mol 4QXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47166 Nc1nncc2c1C(O)c1c(=O)occ3cccc-2c13 Pocket2Mol 4QXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47167 Cc1nc2c3c(n1)CCC(C(=O)O)=C1CCCC(=C13)CC2 Pocket2Mol 4QXO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47168 Cc1nn(C)c2c1-c1ccccc1C(=O)C2 Pocket2Mol 4QXO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47169 O=C1CC(=O)c2cnc3ccccc3c2N1 Pocket2Mol 5TWJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47170 O=C1NCCNc2c1cnc1ccccc21 Pocket2Mol 5TWJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47171 O=C(O)N1Cc2ccc(Cl)c(F)c2CC1=O Pocket2Mol 5TWJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47172 NC(=O)CN1CCc2cc(F)ccc2C1=O Pocket2Mol 5TWJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47173 CC(O)C(=O)NC(N)c1ccc(F)cc1 Pocket2Mol 5TWJ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47174 Cc1c(N)cc2n3ccnc3c3cnc(C4C=CC=C4)c4cc5cc1n2n5c43 Pocket2Mol 4RJ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47175 CC1C2=c3n4c(cnc4c4cnc5ccc6cc7cc1n3c7c4c65)CC2 Pocket2Mol 4RJ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

47161 to 47175 of 73725 items. Total 4915 pages.