DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
47206 O=P(O)(O)O Pocket2Mol 6BS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47207 CCCCC1OC2CCCOc3ccccc3OC3=NC(C)C4=C5C3=C(C2)N1C(=O)N5CCC4 Pocket2Mol 5MY8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47208 CC1OC(CO)=CC2=C3C(Oc4ccccc4)=CC4CCCC5CCN(C(=O)N21)C3=C45 Pocket2Mol 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47209 COCCC1OC2CCCOc3ccccc3OC3=CC(C)C4=C5C3=C(C2)N1C(=O)N5CCC4 Pocket2Mol 5MY8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47210 COCCC1OC2CCCOc3ccccc3OC3=NC(C)C4=C5C3=C(C2)N1C(=O)N5CCC4 Pocket2Mol 5MY8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47211 CC1OC(CO)=CC2=C3C(Oc4ccccc4)=CC4C=CCC5CCN(C(=O)N21)C3=C45 Pocket2Mol 5MY8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47212 O=C1C2CC=C(F)CCC2=C2N1c1ccc(F)cc1-c1c(O)[nH]c(=O)n12 Pocket2Mol 4ZZX ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47213 O=c1[nH]nc2nc3ccc4cc(Cl)cc5c(=O)n6c(=O)cc1c2c6n3c45 Pocket2Mol 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47214 Cc1ccc2c(c1)c(=O)n1c(=O)c(C)c3c(=O)onc4[nH]c(=O)n2c1c43 Pocket2Mol 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47215 O=c1[nH]nc2nc3n4c5c(cc(Cl)cc5c(=O)n5c(=O)cc1c2c54)CC3 Pocket2Mol 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47216 O=c1[nH]ccc2c(=O)n3c(=O)c4c(O)c(F)ccc4n4c3c(c12)NC=C4 Pocket2Mol 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47217 Cc1ccc2c(c1)c(=O)n1c(=O)c(C)c3c(=O)onc4ncn2c1c43 Pocket2Mol 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47218 O=c1[nH]nc2nc3ccc4cc(F)cc5c(=O)n6c(=O)cc1c2c6n3c45 Pocket2Mol 4ZZX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47219 O=C(O)C(O)O Pocket2Mol 6C85 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47220 c1ccccc1 Pocket2Mol 6C85 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

47206 to 47220 of 73725 items. Total 4915 pages.