DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
47146 COCC(O)=C[C@H]1CCCN(C(=O)O)C1 Pocket2Mol 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47147 C=CCCC1CCCN(C(N)=O)C1 Pocket2Mol 6NP3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47148 CN1C(=O)C2=NNCC2c2cc3c(cc21)C=NN(CCO)C3 Pocket2Mol 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47149 CCN1Cc2cc3c(cc2C=N1)N(C)C(=O)C1=NNCC13 Pocket2Mol 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47150 CCCc1cc2cc3c(cc2cn1)N(C)C(=O)C1=NNCC13 Pocket2Mol 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47151 CCCN1Cc2cc3c(cc2C=N1)N(C)C(=O)C1=NNCC13 Pocket2Mol 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47152 CN1C(=O)C2=NNC[C@H]2c2cc3c(cc21)CC(=CCO)CC3 Pocket2Mol 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47153 CN1CC(N)C(CO)CC1=O Pocket2Mol 5FHM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47154 O=C1CCC2c3cc(-c4ccccc4)cc4cccc(c34)CN12 Pocket2Mol 5F1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47155 Cc1cc(-c2cccc(F)c2)c2ncncc2c1 Pocket2Mol 5F1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47156 Cc1cc(-c2ccc(F)c(F)c2)c2nc[nH]c(=O)c2c1 Pocket2Mol 5F1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47157 c1cc2c3c(c1)cnc1c4nonc4c4cccc(c4c13)CO2 Pocket2Mol 5F1H ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47158 CC1=C2C=C=NC(N)=C2C=N1 Pocket2Mol 5F1H ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47159 Cc1ccc2c3c1NC1=C[C@H](CC4=Cc5ccccc5C4)C=C(OC(=C4C=CC=CC4)C2)N13 Pocket2Mol 5DH5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47160 Oc1ccc2c3c1CC(=C1C=CC=CC1)OC1=C[C@@H](Cc4cc5ccccc5[nH]4)C=C(N2)N13 Pocket2Mol 5DH5 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

47146 to 47160 of 73725 items. Total 4915 pages.