DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
47191 Cc1cc2cc3cccc(O)c3[nH]c-2n1 Pocket2Mol 5OUH ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47192 COc1cc(O)cc(C2=C=C3c4[nH]c5c(cc(O)cc5c4F)OCC=C=CCCCOC(=O)C4=CN=C(N2)C34)c1 Pocket2Mol 5IA0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47193 COc1cc(O)cc(C2=C=C(c3c(F)c(F)cc(=O)n3C)C3C(C4=CC(c5ccc(C)cc5)CO4)=CN=C3N2)c1 Pocket2Mol 5IA0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47194 COc1cc(O)cc(C2=C=C(c3c(F)c(F)cc(=O)n3C)C3C(C4=CC(c5cccc(O)c5)CO4)=CN=C3N2)c1 Pocket2Mol 5IA0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47195 COc1cc(O)cc(C2=C=C3c4[nH]c5c(cc(O)cc5c4F)OC/C=C\CCCCOC(=O)C4=CN=C(N2)C34)c1 Pocket2Mol 5IA0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47196 COc1cc(O)cc(C2=C=C(c3c(F)c(F)cc(=O)n3C)C3C(C4=CC(c5ccc(O)cc5)CO4)=CN=C3N2)c1 Pocket2Mol 5IA0 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47197 CN1CCc2cc(CCOc3cc(O)c4c(O)cccc4c3)ccc2C1 Pocket2Mol 6HR2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47198 CN1Cc2cccc3cccc(c23)C1 Pocket2Mol 6HR2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47199 CN1C(=O)c2cccc3cccc(c23)C1=O Pocket2Mol 6HR2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47200 Cc1c(CCOc2cc(O)c3c(O)cccc3c2)cccc1CC(=O)O Pocket2Mol 6HR2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47201 CC=COc1cccc(CCOc2cc(O)c3c(O)cccc3c2)c1C Pocket2Mol 6HR2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47202 C1=C2N=NN=C2Cc2ccccc21 Pocket2Mol 6HR2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47203 O=c1cc2ncccn2cn1 Pocket2Mol 6BS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47204 Nc1ccn2cnc(=O)cc2n1 Pocket2Mol 6BS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47205 CC1=CN2C=NC(=O)CC2N=C1O Pocket2Mol 6BS3 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

47191 to 47205 of 73725 items. Total 4915 pages.