Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47236	CC1=CCc2cc3ccc(C4=CC=C=C4O)c(C4=CNC5=C(CC=CC6=C5OC(C)CC6=O)C4)c3cc2C1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47237	CCc1ccc(N2CC(COC)CCC2=O)cc1	Pocket2Mol	4JA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47238	CCC1=CCC=C1	Pocket2Mol	4JA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47239	CCC=CCC1=CC2C=C3CC(C4=C(C)[C@H](O)[C@@H](O)CO4)=CCC3C3=C2C(=C1)N[C@H]3c1ccccc1O	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47240	CC1(O)COC2=C(C=CCC3=C2NN=C(c2c4c(cc5cc(F)c(F)cc25)CCC2CCC=C42)C3)C1O	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47241	CC=C(C)O[C@H]1CCc2cc3c(c([C@H]4CC5=C(C4)C4=C(CCC5)C(=O)CC(=O)O4)c2C1)CCC3	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47242	Cc1cc(=O)c(O)c(C2=CCC(C3=C4C=C=C(Cc5ccccc5)C=C4CC3c3ccccc3O)=C2)o1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47243	CC1=C(C2=CCC(c3c4c(nc5ccc6cscc6c35)CC3C(=C3CC(F)(F)F)C4)=C2)OC(=O)CC1=O	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47244	OC1=C(O)C(O)OC(C2=CCC(c3c(-c4ccccc4O)ccc4cc(CC(F)(F)F)ccc34)=C2)=C1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47245	CC1CC(=O)C2=C(O1)C1=C(CC=C2)CC(c2c(C3=CCC=C3O)ccc3cc4c(cc23)CC=C(O)C4)=CC1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47246	CCCCc1ccc2c(C3=CC4=C(CC=CC5=C4OC(C)C(C)(O)C5)C3)c(C3=CC=C=C3)ccc2c1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47247	C=C(C(=O)O)[C@@H]1CCC(CC(C)=C2C=C=CN=C2)=C1C1=Cc2c(ccc3c(Cl)c(O)ccc23)C1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47248	CC(CC1=C(C2=Cc3c(cc(O)c4cc(O)ccc34)C2)[C@H](C2=CCC=C2)CC1)=C1C=CCCC1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47249	CC1=CCc2cc3ccc(C4=CC=C=C4O)c(C4=CCC5=C(CC=CC6=C5OC(C)CC6=O)C4)c3cc2C1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47250	O=C1CC(=O)C2=C(O1)C1=C(CC=C2)[C@@H]2CC=C3CC=CC=C3C(=C3CC[C@H]4C(=C4CC(F)(F)F)C3)C2=C1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

47236 to 47250 of 73725 items. Total 4915 pages.