Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47266	CC1=C(C2=CCC(c3c4c(cc5ccc6c(c35)=CCC=6)C=C3C(=C3CC(F)(F)F)C4)=C2)OC(=O)CC1=O	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47267	CCCCNc1ccc2cc3c(cc2c1)Oc1cc(-c2ccccc2)cc2cc4ccc(O)cc4c-3c12	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47268	CC1(C)COC2=C(C1)C(=O)CCC1=C2CC(c2c3c(cc4c2CC(Oc2ccccc2)CC4)CCC3)C1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47269	c1cc2c(cn1)CCCCC2	Pocket2Mol	4JA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47270	Cc1cc(C2=CCC(C3=c4ccc(=CCC(C)C)cc4C=C3c3ccccc3)=C2)oc1C	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47271	O=C1CC(=O)C2=C(O1)C1=C(CCC2)[C@@H]2CC=C3CCCc4cc5c(c(c43)C2=C1)CC(=CCC(F)(F)F)CC5	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47272	CCCC1(C)C=C2NC(c3ccccc3)C(C3=Cc4c(ccc5c4OC(C)=CO5)C3)=C2CC1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47273	CCCOc1ccc2c(C3CC4=C(C3)C3=C(C=CC4)C(O)=C(O)CO3)c(-c3ccccc3)ccc2c1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47274	CC1=C(C2=CCC3C(=CC4C=C(Cc5ccoc5)C=C5NC(c6ccccc6O)C3=C54)C2)OCC(O)C1O	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47275	O=C1CC(=O)C2=C(O1)C1=C3C(=CC4C=C5CC=CC=C5C(=C5CCCC(=CCC(F)(F)F)C5)C(=C1)[C@H]34)C=C2	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47276	CCCC1(C)C=C2NC(c3ccccc3O)C(C3=Cc4c(ccc5c4OC(C)=CO5)C3)=C2CC1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47277	c1ncc2ncsc2n1	Pocket2Mol	4JA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47278	CC(C)=Cc1ccc2c(c1)O[C@@H]1CC3=CC=CC3=C3C(=O)c4ccccc4C2=C31	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47279	CC1=C(C2=CCC(c3c4c(cc5occc35)CCCC4)=C2)OC(C)(C)CC1=O	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47280	OC12CCCCC1CCC2	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

47266 to 47280 of 73725 items. Total 4915 pages.