DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
47326 CC1CCCOC1 Pocket2Mol 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47327 CCCOc1ccc2c(C3=CNC4=C(CC=CC5=C4OC(C)CC5=O)C3)c(-c3ccccc3)ccc2c1 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47328 CCCCNc1ccc2cc3c(cc2c1)Oc1cc(-c2ccccc2F)cc2cc4ccc(O)cc4c-3c12 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47329 O=C1CC(=O)C2=C(O1)C1=C(CC=C2)[C@@H]2CC=C3CCCc4cc5c(c(c43)C2=C1)CC(=CCC(F)(F)F)CC5 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47330 CC1CCCCC1 Pocket2Mol 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47331 c1ccc2c(c1)CCCC2 Pocket2Mol 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47332 CC(C)C Pocket2Mol 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47333 O=C1CC(=O)C2=C(O1)C1=C(CC=C2)[C@@H]2CC=C3CC=CC=C3C(=C3CCCC(=CCC(F)(F)F)C3)C2=C1 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47334 CCCC1Cc2cc(CCC3=C4CC=CC=C4OC=C3)cc3c2C(C1)Oc1ccc(C)cc1-3 Pocket2Mol 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47335 c1ncc2ccsc2n1 Pocket2Mol 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47336 O=C1CC(O)C2=C(O1)C1=C(CC=C2O)CC(c2c3ccc(Oc4ccccc4)cc3cc3sccc23)C1 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47337 CCCc1ccc2c(c1C1CC3=C(C1)C1=C(CC(C)(C)CO1)C(=O)CC3)CC(Oc1ccccc1)CC2 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47338 Cc1cc(F)cc(C(N)=O)c1 Pocket2Mol 4JA8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47339 CC1COC2=C(C=CCC3=C2CC(c2c(-c4ccccc4)ncc4cc(OC(F)(F)F)c(O)cc24)C3)C1O Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47340 CC(C)Cc1ccc2c(C3=CC4=C(CC=CC5=C4OC(C)CC5O)C3)c(C3=CCC=C3)ccc2c1 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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