Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47371	CC(=CC=Cc1ccc2cc3ccnc(C4=C=NC=N4)n3c(=O)c2c1)Oc1cccnc1C(=O)O	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47372	C[C@@H](N)CC(=O)CN1C=CC(=CO)c2ccccc21	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47373	O=C1NCN(O)c2cnc(NCCCn3c(=O)c4c(O)ccc5c4c4c(cccc43)C3(O)CC(O)OC53)cc21	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47374	Nc1nnc(C[C@@H]2NC3=CCC(=O)CN3c3ccccc32)n1CC=c1cc2c(c3c1=CC(O)=CC3=O)CCC2	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47375	Cc1cc2c3c4c(ccc(O)c4c(=O)n(CCC(C)Nc4cc5c(=O)nc[nH]c5[nH]4)c3c1)C1=NN=CC12	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47376	Cc1cc(N)c2cc3ccc4nc(NC(=O)c5ccc(OC6=C7C=CC=CC7NC6=O)nc5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47377	CC(=O)Nc1cc2cccc3c2c2c1cccc2c(=O)n3CCCNc1nc2c(C(=O)O)ccc(CO)c2[nH]1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47378	Nc1nnc(C[C@@H]2NC3=CSCN3c3cccc(O)c32)n1CC=c1cc2c(c3c1=CC(O)=CC3=O)CCC2	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47379	CCCC1=NC2C(=N1)c1cc(F)cc3c(=O)n(CCCNc4cccc(C(N)=O)c4)c4cc(C)cc2c4c13	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47380	Cc1cc2c3c4c(c(O)ccc4c4nncn4c3c1)c(=O)n2CCC(C)Nc1cc2c(=O)nc[nH]c2[nH]1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47381	CNc1ccc2c(C(=O)n3c(N)nnc3CC3Cc4ccc(C(=O)O)cc4C3C(=O)O)ccc(C)c2c1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47382	O=C(Nc1nc2ccc3nc4ccc(O)c(O)c4cc3c2s1)c1ccc(Oc2ccnc3ccccc23)nc1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47383	Cc1ccc2cc3ccc4nc(NC(=O)c5cnc(Oc6ccc(F)c7ccccc67)cn5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47384	Nc1nnc(CC2CC(O)N3CC=CC=C3N2)n1CC1=c2cc3ccccc3c3c2=C(C1)C(O)C(O)C3=O	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47385	CCOc1cc(C)cc2c1c1ccc(F)cc1c(=O)n2CC(O)CC(C)Cc1ncc(O)c(O)c1N	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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