Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47401	N=c1nc(NCCCn2c(=O)c3cccc4c3c3c(cccc32)C2(O)CCOC42)[nH]c2c(O)cnc(N)c12	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47402	CCCC1=CC2C(=N1)c1cc(F)cc3c(=O)n(CCC(=O)Nc4cccc(C(N)=O)c4)c4cc(C)cc2c4c13	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47403	Cc1cc(N)c2cc3ccc4nc(NC(=O)c5ccc(OC6=C7C=CCC=C7NC6=O)nc5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47404	O=C(NCCN1COC2CCC(C3CCCO3)Oc3cccc1c32)Nc1c(F)c[nH]c2ncnc(=O)c1-2	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47405	Nc1nnc(C[C@@H]2C[C@@H](O)C[C@H]2C(=O)O)n1CC=c1cc2c(c3c1=CC=CN3)CCO2	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47406	CC(=O)Nc1cc2cccc3c2c(c1)c(=CO)c(=O)n3CCCNc1cc(C(=O)O)c(O)cc1C	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47407	O=c1c2cccc3c2c2c(cccc2n1CCCNC1=NC=C2CC=CC(F)=C2N1)C1CCCC31	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47408	CCOC(=O)c1c(C)cc(NC(=O)C(=O)c2cc3c(c(C(=O)O)c2)OC=C(F)C3)cc1N	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47409	NC1=C2NC(NCCCn3c(=O)c4cccc5c4c4c(cccc43)C3CCCC53)=NC=C2NN1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47410	CC(=O)Nc1cc2cccc3c2c(c1)c(=CO)c(=O)n3CCCNc1cc2c(cc1C)OCNC2=O	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47411	Nc1nnc(C[C@@H]2NC3=CCC=CN3c3ccc(F)cc32)n1CC=c1cc2c(c3c1=CC(O)=CC3=O)CC=C2	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47412	CC(=O)Nc1cc2cccc3c2c2c1cc(O)cc2c(=O)n3CC[C@@H](C)Nc1ccc(N=C(N)N)c(C)c1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47413	COC1=C(c2nccc(=O)n2C(=O)c2cccc(C=CC=C(C)Oc3cccnc3C(=O)O)c2)N=CCS1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47414	NCc1cccc2c1C(=O)NC1CC(C(=O)Nc3nc4ccc5ccc(C(=O)O)cc5c4s3)=CN=C1O2	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47415	CC(=CC=Cc1ccc(N)c(-c2cc3c(cc2F)NCC(=O)N3)c1)Oc1cc(-c2ccccc2)ccc1O	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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