Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47386	Cc1cc2cc3c(ccc4nc(NC(=O)c5ccc(OC6=C7C=CCCC7NC6=O)nc5)sc43)cc2c(N)n1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47387	Cc1cc2cc3c(ccc4nc(NC(=O)c5ccc(OC6=C7C=CCC=C7NC6=O)nc5)sc43)cc2c(N)n1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47388	COc1cc2c(c(=CCn3c(N)nnc3C[C@@H]3Cc4c(C)cc(C(=O)O)cc4[C@H]3C(N)=O)c1)=CC=CC2=O	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47389	CCCC1=CC2C(=N1)c1cc(F)cc3c(=O)n(CCC(C)Nc4cccc(C(N)=O)c4)c4cc(C)cc2c4c13	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47390	CC(=NO)c1ccc(C)cc1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47391	CCCC1=C=c2c(c3cc(F)cc4c(=O)n(CCC(=O)Nc5cccc(C(N)=O)c5)c5cc(C)cc2c5c34)=N1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47392	Nc1nnc(C[C@@H]2NC3=CC=CCN3c3ccccc32)n1CC=c1cc2c(c3c1=CC(O)=CC3=O)CCC2	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47393	CNc1ccc2c(C(=O)n3c(N)nnc3CC3Cc4c(C)cc(C(=O)O)cc4C3C(=O)O)ccc(C)c2c1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47394	CCc1ccc2cc3ccc4nc(NC(=O)c5ccc(Oc6ccnc7c6C=CCC7)nc5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47395	COc1ccc2cc3ccc4nc(NC(=O)c5ccc(Oc6ccnc7c6C=CCC7)nc5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47396	Nc1nnc(C[C@@H]2NC3=CC=CCN3c3ccc(F)cc32)n1CC=c1cc2c(c3c1=CC(O)=CC3=O)CC=C2	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47397	Cc1cc2c3c4c(ccc(O)c4c(=O)n(CCCNc4cc5c(=O)nc[nH]c5[nH]4)c3c1)CC2=O	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47398	CC(CCn1c(=O)c2cc(O)cc3c2c2c(cccc21)C(CO)C3)Nc1ccc2nc[nH]c(=O)c2c1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47399	COc1ccc2cc3ccc4nc(NC(=O)c5ccc(OC6=C7C=CCCC7NC6=O)nc5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47400	CN1N=C2N=C(NCCCn3c(=O)c4cccc5c4c4c(cccc43)C3CC(=O)NC53)NC(=O)C2C1=O	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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