Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47431	CN1C=CN(CCNC(=O)Nc2cccc3ccncc23)c2ccccc21	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47432	Cc1cc2c3c4c(ccc(O)c4c(=O)n(CCCNc4cc5c(=O)nc[nH]c5[nH]4)c3c1)C(O)C2=O	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47433	CCc1ccc2cc3ccc4nc(NC(=O)c5ccc(Oc6cccc7c6C=CCC7)nc5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47434	CC(CCn1c(=O)c2cc(O)cc3c2c2c(cccc21)C1NC(=O)N=C31)Nc1ccc([N+](=O)[O-])c(C=O)c1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47435	CC=c1c(=O)n(CC[C@@H](C)Nc2ccc3c(c2)c(O)cn[n+]3[O-])c2cccc3c4csc(C(O)O)c4cc1c32	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47436	Cc1ccc2nc3ccc4nc(NC(=O)c5cnc(Oc6cccc7ccccc67)cn5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47437	CCCC1=CC2C(=N1)c1cc(F)cc3c(=O)n(CCCNc4cccc(C(N)=O)c4)c4cc(C)cc2c4c13	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47438	C=Cc1ccc2nc3ccc4nc(NC(=O)c5cnc(Oc6cccc7ccccc67)cn5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47439	CC=C1NC(NCCCn2c(=O)c3cccc4c3c3c(cccc32)[C@H]2CC(=O)N[C@@H]42)=NC2=NN(C)C(=O)[C@@H]12	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47440	Nc1nnc(C[C@@H]2Nc3cccn3-c3ccc(O)c(O)c32)n1CC=c1cc2c(c3c1=CC(O)=CC3=O)CCC2	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47441	Cc1cc(N[C@H](C)CCn2c(=O)c3cc(O)cc4c(NCC(C)C)cc5cccc2c5c43)ccc1N=C(N)N	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47442	Cc1ccc2cc3ccc4nc(NC(=O)c5ccc(Oc6ccnc7c6C=CCC7)nc5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47443	O=C1NCN(O)c2cnc(NCCCn3c(=O)c4c(O)ncc5c4c4c(cccc43)C3(O)CC(O)OC53)cc21	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47444	CNC(=O)c1ccc2c(c1)CC=NC2=O	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47445	C=C1C=CC2=C1[C@H](Cc1nnc(N)n1CC=c1cc3c(c4c1=CC(O)=CC4=O)NNCC3)NC1=CC=C=CN12	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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