Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47416	O=C(NCCN1COC2CCC(C3CCCO3)Oc3cccc1c32)NC1=C2C(=O)N=CN=C2CC=C1F	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47417	Nc1nnc(C[C@@H]2NC3=CSCN3c3ccc(F)cc32)n1CC=c1cc2c(c3c1=CC(O)=CC3=O)CCNC2	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47418	Cc1cc(CO)c2c(c1C)CNC(Cc1nnc(N)n1Cc1cnc3c4c(c(CN)ccc14)NC=C3O)O2	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47419	CC(=CC=Cc1ccc(N)c(-c2cc3c(cc2F)cc(C)n3C)c1)Oc1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1O	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47420	O=c1c2cccc3c2c2c(cccc2n1CCCNc1ncc2c(n1)CC=NC2)CC3(O)OCCCCO	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47421	NC1=NC2C(=CC=C3c4cc(F)ccc4OCC(=O)C32)C=N1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47422	CC1=CCC=C2C(=O)c3c(N)cc(NC(=O)C(=O)c4cc5c(c(C(=O)O)c4)OC=C(F)C5)cc3C=C12	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47423	Nc1nnc(CC2CC(O)N3C(=O)CC(=O)C=C3N2)n1CC1=c2cc3ccncc3c3c2=C(C1)C(O)C(=O)C3	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47424	c1ccc(-c2cccnc2)cc1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47425	CC(=CC=Cc1cccc(C(=O)n2c(-c3ncncc3O)nccc2=O)c1)Oc1cccnc1C(=O)O	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47426	CC(=CC=Cc1cccc(C(=O)N2CC=CN=C2C2=C=NC=N2)c1)Oc1cccnc1C(=O)O	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47427	NC1=C=C2C(=CC=C3c4cc(F)ccc4OCC(=O)C23)C=N1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47428	NC1=CC2C(=CC=C3c4cc(F)ccc4ONC(=O)C32)C=N1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47429	Cc1ccc2cc3ccc4nc(NC(=O)c5ccc(OC6=C7C=CC=CC7C=C6)nc5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47430	Nc1nc2ccc(-c3nc(C(=O)NCC4C=CC5=C=CC6=C5N4CNC6C(=O)O)n[nH]3)cc2c(=O)[nH]1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

47416 to 47430 of 73725 items. Total 4915 pages.