Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47461	Nc1nnc(C[C@@H]2Nc3cccn3-c3ccc(F)cc32)n1CC=c1cc2c(c3c1=CC(O)=CC3=O)CCNC2	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47462	NC1=C=C2C(=CC=C3c4ccccc4OCCC23)C=N1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47463	Cc1ccc(C(=O)n2c(N)nnc2CC2Cc3ccc(C(=O)O)cc3C2C(N)=O)c2ccc(C(N)=O)cc12	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47464	Cc1cc2c3c4c(cnc(O)c4c(=O)n(CCCNC(=O)Nc4cc(F)cnc4O)c3c1)CC2=O	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47465	C=Cc1ccc2cc3ccc4nc(NC(=O)c5ccc(Oc6cccc7c6C=CCC7)nc5)sc4c3cc2c1	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47466	NC1=NC2C(=CC=C3c4cc(F)ccc4ONC(=O)C32)C=N1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47467	COc1cccc(CCCc2nnc(N)n2C(=O)c2cccc3c2ccc2c(C)nc(C)cc23)c1CN	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47468	CC1=C2NC(NCCCn3c(=O)c4cccc5c4c4c(cccc43)C(C(=O)O)C5)=NC=C2C=CN1	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47469	Cc1cc(=CCn2c(N)nnc2C[C@@H]2NC3=CC=CCN3c3ccccc32)c2c(c1O)C(=O)C=C(O)C=2	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47470	CCCOC(Cc1nnc(N)n1Cc1sc(C(=O)O)c2cc3sccc3cc12)NC(C)=O	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47471	O=C(CCn1c(=O)c2cccc3c(=O)c(=O)c4cccc1c4c32)Nc1ccc2c(c1)C(=O)NCO2	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47472	CC(=CC=Cc1ccc(N)c(-c2cc(NC(N)=O)c(N)cc2F)c1)Oc1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1O	Pocket2Mol	3DAF	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47473	Nc1nnc(CC2CC(O)N3CC(=O)CC=C3N2)n1CC1=c2cc3ccncc3c3c2=C(C1)C(O)C(=O)C3	Pocket2Mol	3DAF	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47474	Cc1ccc2cc3ccccc3cc2c1	Pocket2Mol	5HZ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47475	CC1=C=C2Cc3cc(O)ccc3C=C2C=C1	Pocket2Mol	5HZ8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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