DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
47446 NC1=NC2C(=CC=C3c4ccccc4OCCC32)C=N1 Pocket2Mol 3DAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47447 COc1ccc2c(c1)N(C)C=CN2CCNC(=O)Nc1cccc2c1CCC(O)C2O Pocket2Mol 3DAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47448 NCC(F)=Cc1ccccc1 Pocket2Mol 3DAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47449 Nc1nnc(C[C@@H]2NC3=CCC=CN3c3ccc(F)cc32)n1CC=c1cc2c(c3c1=CC(O)=CC3=O)CCC2 Pocket2Mol 3DAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47450 CCn1c(=O)c2cncc3c(=O)n(CCCNC(=O)Nc4cccc(F)c4O)c4cc(C)cc1c4c23 Pocket2Mol 3DAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47451 O=C(Nc1nc2cccc(-c3ccccc3)c2s1)c1cncnc1 Pocket2Mol 3DAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47452 C=Cc1ccc2nc3ccc4nc(NC(=O)c5cnc(Oc6cccc7ncccc67)cn5)sc4c3cc2c1 Pocket2Mol 3DAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47453 O=c1c2cccc3c2c2c(cccc2n1CCCNC1=Nc2ncnc4ncc(F)c(c24)N1)C1(O)CCOC31 Pocket2Mol 3DAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47454 Cc1cc2c3c4c(ccc(O)c4c(=O)n(CCCNC4=NCC5=C(NC=NC5)N4)c3c1)CC2=O Pocket2Mol 3DAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47455 CC(=O)NC1Cc2cccc3c2c2c1ccc(O)c2c(=O)n3CCCNC1=NC(O)c2c(c(C)cn2C)N1 Pocket2Mol 3DAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47456 Cc1cc(C)c2c(c1C)CNC(Cc1nnc(N)n1Cc1cnc3c4c(c(CN)ccc14)NC=C3O)O2 Pocket2Mol 3DAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47457 N=c1nc(NCCCn2c(=O)c3cccc4c3c3c(cccc32)C2(O)CCOC42)[nH]c2c(F)cnc(N)c12 Pocket2Mol 3DAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47458 CC1=CNN(O)C(NC(=O)NCCCn2c(=O)c3c(O)ccc4c3c3c2cc(C)cc3n2cnnc42)=N1 Pocket2Mol 3DAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47459 CCc1ccc2cc3ccc4nc(NC(=O)c5ccc(Oc6cccc7ncccc67)nc5)sc4c3cc2c1 Pocket2Mol 3DAF ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47460 NC1=CC2C(=CC=C3c4ccccc4OCCC32)C=N1 Pocket2Mol 3DAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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