DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
47356 CC=C(C)O[C@H]1CCc2cc3c(c([C@H]4CC5=C(C4)C4=C(CCC5)C(=O)CC(=O)O4)c2C1)CC=C3 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47357 Nc1ccc2ncsc2c1 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47358 CC1=C(C2=CCC(c3c4c(nc5ccc6ccccc6c35)CC3C(=C3CC(F)(F)F)C4)=C2)OC(=O)CC1=O Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47359 Cc1cc2c(cc3c4c(cc(CCc5ccncc5C(=O)O)cc42)CCC3)o1 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47360 CC1=C(C2=CCC3C4=c5c(cc(CC(C)C)cc5=NC3C2)NC4c2ccccc2C)OC(C)(C)CC1=O Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47361 OC1=CC(O)OC(C2=CCC(c3c4c(cc5cc(CC(F)(F)F)ccc35)CCC3=C=CC=C34)=C2)=C1 Pocket2Mol 4JA8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47362 COc1cccc(CC(=O)O)c1 Pocket2Mol 5L4M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47363 O=C1OCCc2ccc(O)c(O)c21 Pocket2Mol 5L4M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47364 CC1=C2C(=O)C(O)=CC=C2C(O)=CC1 Pocket2Mol 5L4M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47365 Cc1cccc2ccccc12 Pocket2Mol 5L4M ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47366 CCOC1CCC2CCCC(=O)N2C1 Pocket2Mol 5MRP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47367 CC(=O)OC1CCC2CC=CC(=O)N2C1 Pocket2Mol 5MRP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47368 CCCC1CCN(C(=O)CCO)CC1C Pocket2Mol 5MRP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47369 CC1=NC(=O)C(c2ccccn2)=C1 Pocket2Mol 5MRP ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47370 CNc1ccc2c(C(=O)n3c(N)nnc3CC3Cc4c(C)c(C)cc(C)c4C3C(N)=O)ccc(C)c2c1 Pocket2Mol 3DAF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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