Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47341	CC(CC1=C(C2=CC3=C(CCc4cc(O)ccc43)C2)[C@H](C2=CC=CC2)CC1)=C1C=NCCC1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47342	CC=CCc1ccc2c(C3=CC4=C(CC=CC5=C4O[C@@H](C)[C@@H](O)[C@@H]5O)C3)c(C3=CC=C=C3)ccc2c1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47343	CC(CC1=C(C2=Cc3c(ccc4c(O)c(O)ccc34)C2)[C@H](C2=CCC=C2O)CC1)=C1CCCC1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47344	O=C1CC(=O)C2=C(O1)C1=C(CC=C2)[C@@H]2CC=C3CC=Cc4cc5c(c(c43)C2=C1)CC(=CCC(F)(F)F)CC5	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47345	CCC=CCc1cc2c3c(c1)=C[C@@H]1CC(C4=C(C)[C@H](O)[C@@H](O)CO4)=CCC1C=3[C@H](c1ccccc1O)N2	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47346	CC1(C)CCCCC1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47347	O=C1CC(=O)C2=C(O1)C1=C(CCC2)[C@@H]2CC=C3CC=CC=C3C(=C3CC[C@H]4C(=C4CC(F)(F)F)C3)C2=C1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47348	CCC1CCCNC1	Pocket2Mol	4JA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47349	CC1=C(C2=CCC(c3c(C4=CC=CC4)ccc4c3CC3=C(CC(F)(F)F)C3C4)=C2)OC(=O)CC1=O	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47350	CC(C)=Cc1ccc2c(c1)O[C@@H]1CC3=CC=CCC3=C3C(=O)c4ccccc4C2=C31	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47351	COc1ccc(-c2nc3c(c4cc(OC5=C6OCCC6=CCC(F)=C5)ccc24)C2=CC=CC2C=C3)cc1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47352	O=C1CC(=O)C2=C(O1)C1=C3[C@H](C=C2)N[C@H]2C=C4CC=CC=C4C(=C4CCCC(=CCC(F)(F)F)C4)C(=C1)[C@H]32	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47353	O=Cc1cccnc1	Pocket2Mol	4JA8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47354	CCCC1(C)C=C2NC(c3ccccc3)C(C3=Cc4c(ccc5c4OC=C(C)O5)C3)=C2CC1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47355	CCc1ccc(N2CC3C=CCC3=NC2=O)cc1	Pocket2Mol	4JA8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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