DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
47086 O=C(O)C1N=Cc2ccncc21 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47087 Cc1cc(O)c(O)cc1Oc1ccc2c3c1C(O)CC1C(=O)NC4C=Cc5ccc(=O)n2c5c4c31 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47088 Cc1ccc2c3c(cccc13)C(O)c1ccccc1-2 Pocket2Mol 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47089 CC1OC(O)CC1C1CCC(Oc2ccc3c4c2OC2C=Cc5cccc(c52)CC4N=CC3)C(=O)N1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47090 CNC1=C2C(=CC=C3CN(C(O)O)C(=O)CC(C)CC32)C=C1C Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47091 O=C(O)c1cc(CO)c2c(c1)Oc1cc3c4c(c1O2)C(O)=CC1C(=O)NC2C=CC5=C(C2=C41)N3C(=O)CC5 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47092 CCC1C(=O)NCN2C(=O)C(Oc3ccc4c5c3OC3C=C[SH]6N=C(C)C(=C36)C3CN(CC4)C53)CCC12 Pocket2Mol 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47093 c1cc2cnncc2cn1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47094 O=C1NC(C2CC(O)CN2)CCC1Oc1ccc2c3c1OC1C=Cc4cccc(c41)C1CCN(CC2)C31 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47095 c1ccc2cnccc2c1 Pocket2Mol 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47096 O=C1NC(c2ccccc2)CCC1Oc1ccc2c3c1OC1C=CS/C1=C/C1CCN(CC2)C31 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47097 COc1cc(O)c(C(=O)O)c(C#N)c1 Pocket2Mol 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47098 CC1OC(O)CC1C1CCC(Oc2ccc3c4c2OC2C=CC5C(=O)C=CC(=C25)CC4N=CC3)C(=O)N1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47099 CC1=CC2/C(C)=C3/OC=CC3Oc3c(OC4CCC5C6CC(O)C(O)C6CN5C4=O)ccc4c3C2N1CC4 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47100 c1cc2ccnnc2cn1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

47086 to 47100 of 73725 items. Total 4915 pages.