Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47056	C1=CC2=C3C(=Cc4cccc5c4C3C(=C3C=CC4=NC=CC4=CC35)C1)C=N2	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47057	CC1N(C)c2ccccc2-c2cncn21	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47058	O=C1C(Oc2ccc3c4c2OC2C=Cc5cccc(c52)C2CCC(CC3)CC42)CCN1C1CCCC1CO	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47059	Nc1ccc(F)cc1C(=O)O	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47060	Oc1ccc(-c2ccccc2)cc1	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47061	CC1OC(CO)CC1C1CCC(Oc2ccc3c4c2OC2C=Cc5cccc(c52)CC4N=CC3)C(=O)N1	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47062	C/C1=C2\CCCC2Oc2c(OC3CCC(c4ccc[nH]c4=O)NC3=O)ccc3c2C2C1CCN2CC3	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47063	COc1cc2oc3c4c5c6c7c(ccc8ccc(=O)n(c5cc3oc2cc1C(=O)O)c87)=NC(=O)C6C=C4O	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47064	CCc1cc2oc3cc4c5c(c3oc2cc1C=N)C(O)=C=c1c(=O)nc2ccc3c(c2=c15)n4C(=O)CC3	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47065	C/C1=C2\SC=CC2Oc2c(OC3CCC(C4CC(O)CN4)NC3=O)ccc3c2C2C1CC(=O)N2CC3	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47066	CCC1CCCC1N1CCC(Oc2ccc3cc2OC2C=Cc4cccc(c42)C2CC2CCC3)C1=O	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47067	CCc1cc2c(cc1OC)Oc1c(cc3c4c1C(O)=CC1CCC5C(C)=Cc6ccc(=O)n3c6c5c41)O2	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47068	C/C1=C2\SC=CC2Oc2c(OC3CCC(C4CC(O)OC4C)NC3=O)ccc3c2C(C1)N=CC3	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47069	CC1OC(O)CC1C1CCC(Oc2ccc3c4c2OC2C=Cn5c2c(ccc5=O)CC4N=CC3)C(=O)N1	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47070	COc1cc2oc3cc4c5c(c3oc2cc1OC)C(O)=CC1C(=O)N=c2c(C)cc3ccc(=O)n4c3c2c51	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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