Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
46996	CC1CC(C)C(N2CCC(Oc3ccc4c5c3OC3C=Cc6cccc(c63)CC5C35C(C)C3C45)C2=O)C1	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
46997	Cc1nccc(CN)c1CN1CCC(Oc2ccc3c4c2OC2CCC/C2=C/C2CCC(CC3)C42)C1=O	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
46998	O=C1Cc2c3c4c5c(ccc6cc(=O)n2n65)CCC=4Cc2cccc(c2-3)O1	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
46999	CC12Nc3ncc(CC4C=C5C=CC6=C7C5c5c4cccc5C(O)C7CCC6)cc3C(=O)C1NC(=O)O2	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47000	CC12CCCC1C1CCC(Oc3ccc4c5c3OC3C=C[SH]6C=CC(=C36)CC5NCC4)C(=O)N1C(=O)O2	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47001	CN(C)c1ccc2c(c1)Oc1cc3c4c(c1O2)C(O)CC1C(=O)NC2C=Cc5ccc(=O)n3c5c2c41	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47002	O=C1NC2C=Cc3ccc(=O)n4c3c2c2c3c(c5c(cc34)Oc3c(O)c(O)cc(O)c3O5)C(O)=CC12	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47003	CC1(C)c2ccccc2C2CC(C(O)O)Cc3cccc1c32	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47004	Oc1cc2cccc3c2c2c1COc1cccc(c1-2)O3	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47005	NC(=O)c1ccc2c(c1)Oc1cc3c4c(c1O2)C(O)=CC1C(=O)OC2C(O)=CC5=C(C2=C41)N3C(=O)CC5	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47006	CC12Nc3ncc(CC4C=C5C=CC6=C7C5c5c4cccc5C(O)C7CCC6)cc3C(=O)C1CC(=O)O2	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47007	CC/C1=C2\SC=CC2Oc2c(OC3CCC(C4COC(=O)C4)NC3=O)ccc3c2C(C1)N=CC3	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47008	Cn1c(=O)n2cncc2c2ccccc21	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47009	CCC1C(CO)OC(C)N2C(=O)C(Oc3ccc4c5c3OC3C=C[SH]6C=CC(=C36)CC5NCC4)CCC12	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47010	COc1cc2c(cc1OC)Oc1c(cc3c4c1C(O)CC1c4c4c5c(ccc(=O)n53)C=C(C)C4OC1O)O2	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

46996 to 47010 of 73725 items. Total 4915 pages.