DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
47026 Oc1cc(O)c2c(c1)CC(O)c1ccc(O)cc1-2 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47027 CCc1ccc2c(c1)Oc1cc3c4c(c1O2)C(O)=C=C1C(=O)NC2C(O)=CC5=C(C2=C14)N3C(=O)CC5 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47028 C=C1N[SH]2C=CC3Oc4c(OC5CCC6C(C(C)O)C(CO)OCN6C5=O)ccc5c4C(CC1=C32)NCC5 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47029 NC(=O)c1cc(CO)c2c(c1)Oc1cc3c4c(c1O2)C(O)=CC1C(=O)NC2C=CC5=C(C2=C41)N3C(=O)CC5 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47030 CC(=O)Nc1cc(-c2nn(C)cc2O)ccc1C(N)=O Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47031 Oc1ccc2ccccc2c1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47032 Fc1ccc2c3c(cncc13)N=C=N2 Pocket2Mol 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47033 CC1c2cccc(O)c2CNC1O Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47034 NC(=O)Cc1cccc(CO)c1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47035 CCc1ccc2oc3c4c5c6c7c8c(cc9ccc(=O)n(c5cc3oc2c1)c97)C=CCC=8C(O)C6CC4O Pocket2Mol 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47036 CC1CC2(O)CCNCC2(O)C1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47037 CC1Cc2cccc3c2C(C1)C(C(=O)O)=CC3 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47038 O=C(O)c1cc(CO)c2c(c1)Oc1cc3c4c(c1O2)C(O)=CC1C=CC2C=CC5=C(C2=C41)N3C(=O)CC5 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47039 O=C1Cc2c(cccc2-c2cccc(-c3ccc(CCN4CCNCC4=O)cc3)c2)CN1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47040 CC1(O)Nc2ncc(CC3C=C4C=CC5=C6C4c4c3cccc4C(O)C6CCC5)cc2CC1=O Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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