Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
47011	COc1cc2oc3c4c5c6c7c(ccc8ccc(=O)n(c5cc3oc2cc1C(N)=O)c87)=NC(=O)C6C=C4O	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47012	CCc1cc2c(cc1OC)Oc1c(cc3c4c1C(O)=CC1C(O)=CC5C(C)=Cc6ccc(=O)n3c6c5c41)O2	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47013	CN(C)c1ccc2c(c1)Oc1cc3c4c(c1O2)C(O)=CC1C(=O)OC2C(O)=Cc5ccc(=O)n3c5c2c41	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47014	O=C1NC(c2ccccc2)CCC1Oc1ccc2c3c1OC1COCc4cccc(c41)CN3CCC2	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47015	O=C1CCC2=C3C4=C5c6c(cc7c(c6C(O)CC5C=CC4C=C2)Oc2c4c(c(O)c(F)c2O7)OCOC4)N13	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47016	Oc1ccccc1	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47017	O=C1CC(c2cc(O)ccc2F)CCC1Oc1ccc2c3c1OC1CCC/C1=C/C1CCN(CC2)C31	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47018	CC1OCC2NC1COc1ccc3c(c12)=CC1=CC2C4=CC(=O)CCC4=Cc4cccc(c42)C1C=3	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47019	Cc1cc(O)c(O)cc1Oc1ccc2c3c1C(O)CC1C(=O)N=c4ccc5ccc(=O)n2c5c4c31	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47020	C/C1=C2\OC=CC2Oc2c(OC3CCC(C4CC(O)C(O)C4)NC3=O)ccc3c2C2C1CC(=O)N2CC3	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47021	Cc1cc2ccc(=O)n3c4cc5oc6cc(N(C)C)ccc6oc5c5c4c4c(c(=O)nc1c4c23)=C=C5O	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47022	COc1cc2c(cc1OC)Oc1c(cc3c4c5c6c7c(ccc(=O)n73)C=C(O)C6CCC5=CC(O)c14)O2	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47023	NC(CCO)c1ccccc1O	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47024	CC=C1C=C(C(=O)O)Cc2ccccc21	Pocket2Mol	4D7O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
47025	CCC1(CO)Cc2ccc3c(c2C(C(=O)O)N1)=CC1=CC2C4=C(O)CCC(C)C4=Cc4cccc(c42)C1C=3	Pocket2Mol	4D7O	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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