DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
47041 COc1cccc(-c2ccc3c(c2)CN2C=CC=CN2CC3)c1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47042 Cc1ncccc1CN1CCC(Oc2ccc3c4c2OC2COC(=O)/C2=C/C2CCN(CC3)C42)C1=O Pocket2Mol 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47043 O=Cc1ccc2cc(C3=CN=NC3=O)ccc2c1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47044 C/C1=C2\CCCC2Oc2c(OC3CCC(c4cc(F)cc(F)c4)NC3=O)ccc3c2C2C(CC3)C(=O)NC12 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47045 CCc1ccc2c(c1)Oc1cc3c4c(c1O2)C(O)=C=C1C(=O)OC2C(O)=CC5=C(C2=C14)N3C(=O)CC5 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47046 C/C1=C2\SC=CC2Oc2c(OC3CCC(C4CC(O)C(O)C4)NC3=O)ccc3c2C2C1NC(=O)N2CC3 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47047 O=C(O)C1/C=C\C2CCN3CCc4ccc(OC5CCC(c6cccc(O)c6)NC5=O)c(c4C23)O1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47048 OC1NCc2cnccc21 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47049 O=C1NC2OCCC2c2cccc(O)c21 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47050 C/C1=C2\SC=CC2Oc2c(OC3CCC(C4CC(O)C(O)C4)NC3=O)ccc3c2C2C1CC(=O)N2CC3 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47051 CC(C)(C)C(=O)O Pocket2Mol 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47052 CC1NC(O)C2=C3C1=Cc1cccc4c1C3C(=C1C(=O)N(C)C3=NN=CC3=CC14)CC2 Pocket2Mol 4D7O ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47053 CC1CC2(O)CCOCC2(O)C1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47054 Cc1cccc(C(N)=O)c1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
47055 O=C(O)c1ccc(O)cc1 Pocket2Mol 4D7O ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

47041 to 47055 of 73725 items. Total 4915 pages.