DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48001 Cc1cc(C(=O)O)c(N)cn1 Pocket2Mol 6H8S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48002 Cc1cc(C)c2c(c1)CC(NC(=O)Cc1ccc(O)cc1)C2O Pocket2Mol 5HBS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48003 Fc1ccc2c(c1)Cc1ccccc1C2 Pocket2Mol 5HBS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48004 CN(C(=O)Cc1ccc(O)cc1)C(=O)C1(C)CC(C)(O)CCO1 Pocket2Mol 5HBS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48005 O=C(Cc1ccc(O)cc1)NC1Cc2cccc(CO)c2C1O Pocket2Mol 5HBS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48006 C1=CC(c2ccccc2)=NN=1 Pocket2Mol 5HBS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48007 CCC(C)N1CC2CC3NC4CCC(COC)C=C4N(NC(=O)CC(CN)CN4CN(C)C(=O)CC4=O)C3CN2c2ccc(F)cc2C1=O Pocket2Mol 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48008 CCCC1C=C2C(CC1)NC1CC3CN(CCO)C(=O)c4cc(O)cc(O)c4N3CC1N2NC(=O)CC(CN)CN1C(=O)CC(N)=NC1=O Pocket2Mol 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48009 CCCC1C=C2C(CC1)NC1CC3CN(CCC)C(=O)c4cc(O)cc(O)c4N3CC1N2NC(=O)CC(CN)CN1C(=O)CC(N)=NC1=O Pocket2Mol 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48010 CCCC1C=C2C(CC1)NC1CC3CN(CC(C)C)C(=O)c4cc(O)cc(O)c4N3CC1N2NC(=O)CC(CN)CN1CN=C(N)CC1=O Pocket2Mol 6NV9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48011 COCC1C=C2C(CC1)NC1CC3CN(C(C)C)C(=O)c4ccccc4N3CC1N2NC(=O)CC(CN)CN1C(=O)NC(=O)C1=O Pocket2Mol 6NV9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48012 O=C(NO)c1cccnc1 Pocket2Mol 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48013 Nc1ncc2[nH]cnc2n1 Pocket2Mol 5GJA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48014 O=C(NO)c1ccccc1 Pocket2Mol 5GJA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48015 Nc1nnc2scnc2n1 Pocket2Mol 5GJA ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

48001 to 48015 of 73725 items. Total 4915 pages.