DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
48046 OC1=CCc2c(nc3c4c2Oc2cc(O)c(C(O)O)c5c2=C4C(C=C3)N=5)C1 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48047 O=C(O)c1c(O)cc2c3c1=NC1C=Cc4cc5c(c(c4C=31)O2)CC=C(O)C5 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48048 O=Cc1cc2c(=O)c3cc(C[N+](=O)[O-])ccc3oc2c2ccccc12 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48049 Cc1cc2c(cc1C(=O)O)Oc1c(cc(C)c3c1CCC(C[N+](=O)[O-])C3)O2 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48050 Fc1ccccc1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48051 O=C1CCc2c(nc3cccc4c3c2Oc2cc(O)c(C(=O)O)cc2-4)C1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48052 Cc1cc2c(oc1=O)c(C)cc1c(=O)c3cc(C(=O)O)ccc3oc12 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48053 O=C(O)C1=NC(=O)C(O)=C2C(c3ccc(OCCO)c(O)c3)=CN=C12 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48054 O=c1c2c(on1O)C=C1Oc3c4c(cc5c3C(=C1C2)CC=C5)CC(O)=CC4 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48055 O=C1C2=C(C=C3Oc4c5c(cc6c4C(=C3C2)CC=C6)CC(O)=CC5)OC1O Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48056 CC(O)=Cc1cc2c3c4c(ccc3c1)Cc1c3c(cc(c1-4)O2)OC[C@@H](O)O3 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48057 Cc1cc(C(=O)O)cc2c(=O)c3cc(C(=O)O)ccc3oc12 Pocket2Mol 4KEU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48058 CCCC1N=C2C=CCC3=C4CC(C(=O)O)=C(O)C=C4OC1=C23 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48059 Cc1ccc2cc3ccc4c5c3c(c2c1)OC1=CC(O)=C(C(=O)O)C(C=4)C=51 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
48060 Cc1ccc(-c2cc3c(cc2O)Oc2c(O)cccc2C3)cc1 Pocket2Mol 4KEU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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